《进击的巨人最终季 Part.2》讲述了在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家玛雷与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛。

动画剧情开篇就是大战，在皮克挑明身份之后，艾伦化身进击的巨人向来袭的马莱开战，莱纳再次和艾伦肉搏，在车巨和颚巨的围攻之下，艾伦即使拥有战锤的力量，也只能勉强防御，由于弗洛克和伊蕾娜的种种操作，调查兵团的最强兵力们全部被关押，在艾伦和帕拉迪岛生死存亡之时，伊蕾娜为首的人全懵了，关键时刻还是欧良果鹏去补救，他去释放了爱尔敏等人，并且说服了他们帮助艾伦对抗马莱的围攻。